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据说这里有很多神奇的东西...

普通用户权限编译运行SWAP2

2017-08-23 10:21:37707 views

首先下载MPICH库

http://www.mpich.org/downloads/

解压tar.gz包

wget  
tar -zxvf mpich-3.2.1.tar.gz

进入目录,多线程编译

cd mpich-3.2.1
./configure --prefix=/home/zhuhd/
make -j24

解压SWAP2.tar.bz2

tar -jxvf SWAP2.tar.gz2

进入目录,编译

cd SWAP2
make

出现错误

(记得仿佛是DSO missing什么的)

编辑Makefile文件,在第5行后添加 -lpthread

image.png

保存后重新编译通过

出现了各种警告

image.png

寻找so链接文件路径

locate libimf.so

image.png

环境变量中添加链接库文件路径

export LD_LIBRARY_PATH=/opt/intel/composer_xe_2015.0.090/compiler/lib/intel64/:$LD_LIBRARY_PATH
mpirun -np 32 ./swap -k 19 -c 5 -i ./data/S.aureus.fasta -o Saur_k31_c5

完美运行