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据说这里有很多神奇的东西...

基因组注释软件TriAnnot安装配置

2017-09-13 15:58:53796 views

基因组注释(Genome annotation) 是利用生物信息学方法和工具,对基因组所有基因的生物学功能进行高通量注释,是当前功能基因组学研究的一个热点。

基因组注释的研究内容包括基因识别和基因功能注释两个方面。

TriAnnot是著名的基因组注释软件之一。

软件主页:https://sourcesup.renater.fr/wiki/triannot/index

论文链接:http://europepmc.org/abstract/MED/22645565

本次安装配置的测试环境是无root权限的ubuntu16.04服务器,只预装了最基本的编译环境。

以下命令默认安装目录为/home/zhu/Documents/TriAnnot/

官方表示发邮件可以获取最新源码:

You can request the latest TriAnnot package by sending an email to triannot-support@clermont.inra.fr

本次使用的版本为triannotV5.2p02

下面进入安装:

1.下载软件、依赖、数据库

根据不同的任务需求,需要不同的软件和数据库,依次下载放到目标路径。

主要包括三个文件夹

/home/zhu/Documents/TriAnnot/sourcecode_triannotV5.2p02

/home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_software

/home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_databank

添加主程序环境变量

vi ~/.bashrc

在其中加入

export PATH=/home/zhu/Documents/TriAnnot/sourcecode_triannotV5.2p02/bin:$PATH

export PYTHONPATH=/home/zhu/Documents/TriAnnot/sourcecode_triannotV5.2p02/pythonlib:$PYTHONPATH

export PERL5LIB=/home/zhu/Documents/TriAnnot/sourcecode_triannotV5.2p02/perllib/:$PERL5LIB

使环境变量生效

source ~/.bashrc
python /home/zhu/Documents/TriAnnot/sourcecode_triannotV5.2p02/bin/TriAnnotPipeline.py -w Check run --check -s A20.tfa -t wheat_step161213-long.xml --type nucleic

需要根据测试中报告的错误修改各个软件和数据库的路径。(每次测试后需要删除Check文件夹才能进行下一次测试)

2.编译软件


如果服务器无root权限有网络,推荐软件安装神器linuxbrew

需要安装git、curl

git clone https://github.com/Linuxbrew/brew.git ~/.linuxbrew
cd ~/.linuxbrew

修改环境变量

vi ~/.bashrc

在其中加入

export PATH=$HOME/.linuxbrew/bin:$PATH

export MANPATH="$(brew --prefix)/share/man:$MANPATH"

export INFOPATH="$(brew --prefix)/share/info:$INFOPATH"

export CPLUS_INCLUDE_PATH=$HOME/.linuxbrew/include/:$CPLUS_INCLUDE_PATH

export C_INCLUDE_PATH=$HOME/.linuxbrew/include/:$C_INCLUDE_PATH

export LD_LIBRARY_PATH=$HOME/.linuxbrew/lib/:$LD_LIBRARY_PATH

export LIBRARY_PATH=$HOME/.linuxbrew/lib/:$LIBRARY_PATH

此处需要注意所有指向linuxbrew的环境变量最好放在最后,否则可能在TriAnnot运行时优先找到linuxbrew目录导致运行失败。

使环境变量生效

source ~/.bashrc
git -C "$(brew --repo homebrew/core)" fetch --unshallow

然后brew install XXXXX  即可安装各种软件

因为下面每个软件包都有很多依赖库,自己编译安装极其复杂,在硬盘空间有较多空闲的情况下,推荐使用brew install xxxxxx先安装一次,几乎都可以自动装好所有的依赖库,大大减少工作时间。

RepeatMasker配置

brew install Repeatmasker

首先添加环境变量

export PATH=/TriAnnot_software/RepeatMasker/:$PATH

然后进入软件目录配置

cd /home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_software/RepeatMasker
./configure

指定perl目录(一般默认即可)

指定RepeatMasker目录(/TriAnnot_software/RepeatMasker)

指定trf目录(/TriAnnot_software/trf404.linux)

然后配置工具

先配置1.crossmatch

路径为/TriAnnot_software/phrap_cross_match_swat/

确定后输入y设置为默认

再配置4.hmmer-3

路径为/TriAnnot_software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/

确定后输入n不设置为默认

最后输入5.done,即为配置完成

接下来安装perl依赖库

使用cpan可以方便的安装,没有cpan的机器就只能自行百度了。

需要的库:

cpan Text::Soundex

cpan Capture::Tiny

cpan Switch

cpan Bio::SeqIO

安装完成后,命令行输入RepeatMasker可以显示帮助菜单即为安装成功。

rnammer配置

brew install rnammer
vi /home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_software/rnammer-1.2.src/rnammer

修改35行:my $INSTALL_PATH=/home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_software/rnammer-1.2.src

51行:$HMMSEARCH_BINARY = "/home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmsearch";

54行:$HMMSEARCH_BINARY = "/home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_software/hmmer-3.1b2-linux-intel-x86_64/binaries/hmmsearch";

getorf配置

getrof是EMBOSS软件里的子模块。

brew install emboss

然后进入TriAnnot_software文件夹下编译安装。

缺少libmysqlclient.so、libssl.so等一大堆动态链接库,因此决定直接替换为brew安装好的版本。

mv /home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_software/EMBOSS-6.6.0 /home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_software/EMBOSS-6.6.0_old
cp -r ~/.linuxbrew/Cellar/emboss/6.6.0/ /home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_software/EMBOSS-6.6.0/

添加环境变量

export PATH=/home/zhu/Documents/TriAnnot/TriAnnot_software/EMBOSS-6.6.0/bin/:$PATH

命令行输入which getorf 如果指向此路径即为成功

InterProScan5配置

本软件需要java环境

brew install jdk

添加环境变量

export $JAVA_HOME=$HOME/.linuxbrew/Cellar/jdk/1.8.0-144/:$JAVA_HOME

Blast配置

BestHit模块缺少Perl库 Bio::SearchIO::blastxml

(执行下句中出现无限的找不到apache的错误提示,可以使用ctrl+c退出)

cpan Bio::SearchIO::blastxml

错误在仿佛是在安装SOAP-Lite-1.22过程中出现

再次运行安装,报错

image.png

运行

brew install GraphViz
cpan GraphViz

安装成功

继续安装cpan Bio::SearchIO::blastxml

自动安装依赖XML::LibXML时出错

cpan XML::LibXML

依然有错

然而到此处Blast的错误仿佛迷之解决了...

(以上均为后期可以运行TriAnnot主程序之后出现的错误解决方案,其余所有的C++软件均需要自行编译,编译过程没有记录)

tRNAscanSE配置

具体过程没有记录,看起来仿佛挺心酸的

最终解决方案是把配置文件中的路径改到了/home/zhu/.linuxbrew/bin/tRNAscan-SE

3.路径配置

主要需要修改的配置文件为:/home/zhu/Documents/TriAnnot/sourcecode_triannotV5.2p02/conf

分为两大部分

software和databank

databank基本都是通过defaultDbPath变量指定的,只需改第9行即可。

software需要一一修改,指定为/TriAnnot_software/文件夹下的对应软件

最后的config里Eugene和Augustus也同样需要修改

python /home/zhu/Documents/TriAnnot/sourcecode_triannotV5.2p02/bin/TriAnnotPipeline.py -w Check run --check -s A20.tfa -t wheat_step161213-long.xml --type nucleic

执行测试命令,如果出现以下输出(没有ERROR),则为配置成功。

image.png

4.测试运行

运行命令为

/home/zhu/Documents/TriAnnot/sourcecode_triannotV5.2p02/bin/TriAnnotPipeline.py -w Anno_scaffold4605 --debug --logtofile run -s scaffold4605.fasta -t wheat_step161213-long.xml --type nucleic --clean loetcsp --mth-override 4 --minlength 50000 --maxlength 500000 --splitseq --overlap 50000 &> runscaffold4605.log


good luck~